创建年代不明，但根据神社传是由第9代开化天皇掌管天下的时期请愿建成。正应2年（1289年）的《和泉国神名帐》中将其记录为“有通神社”，两幅庄园绘图中将其描绘为“穴通社”。《枕草子》中也有关于此神社名称来源的记载，据说是源自“有位中将违背帝王命令，将年迈的父母藏于京城居住，并按照年迈父母的教导，使用蚂蚁成功穿线，因此获得与年迈父母同住的许可，这位中将也就被供奉为神”的这一传说。另外还有这样的说法：从其沿着熊野街道的位置来看，关联熊野信仰的“蚁之熊野参拜”是其名称来源。
（注：“蚁之熊野参拜”是指到熊野参拜的人络绎不绝，如同蚂蚁一般。）

根据《纪贯之集》的记载，纪贯之从纪伊国归来，途中贯之的马因病倒下。路人劝他向“蚁通之神”祈祷，于是贯之便做了一首诗进行奉纳：“云重暗苍穹，疑间有星汉”，结果马的病就好了。根据这一故事，室町时代世阿弥创作了谣曲（日本古典歌舞剧“能”的台本）——《蚁通》。由于这一渊源，现在神社境内依然在表演着能剧。
（注：贯之所作之诗的日文中“有星”与“蚁通”为同音字，故此处为双关，意思是就像无法想象黑暗的天空中有星星那样，蚁通神也不会做这样的事情。）

蚁通神社正殿为一间社角椽春日造结构，正面有唐破风。境内的舞台推测是万治3年（1669年），由岸和田藩主冈部氏在改修之际建造，是这一地区不多见的建筑样式。当初神社是沿着熊野街道而立，由于战争时期需要修建明野陆军飞行学校佐野飞行场，因而搬迁至现址。