慈眼院多宝塔据说创建于天武2年（673年），是天武天皇的敕愿寺，此后作为相邻日根神社（大井关大明神）的神宫寺，曾经堂宇众多，伽蓝恢弘，但天正13年（1585年）毁于丰臣秀吉攻打纪州的战火，后由丰臣秀赖重建，但最初的建筑只留下了多宝塔和金堂。创建时被称为井关山愿成就寺寿福院，又被称为大井关御坊。

《日根野村荒野开发绘图》中央所描绘的无边光院是九条政基最早入住的寺院，是日根庄庄园的管理处，也有说法称慈眼院（原本的大井关神社中之坊）是其后身。

现在的名号“慈眼院”是江户时代（1603～1868年）京都仁和寺住持赐给九条政基的院号，为真言宗御室派仁和寺的末寺。

多宝塔建于文永8年（1271年），是泉佐野市唯一的国宝建筑。该塔与石山寺（滋贺县）、高野山金刚三昧院（和歌山县）并称日本多宝塔三名塔。塔高10.5m，下层为边长2.7m的正方形，通过二手先（构件）撑起屋顶，装饰有轩支轮。另外上层围有12根圆柱，通过四手先（构件）撑起尾垂木和轩支轮双层结构，使桧皮葺（铺柏树皮）屋顶更为紧实牢固。内阵须弥坛上供奉着大日如来坐像（大阪府指定有形文化财产）和脇侍持国天、多闻天。明治修理时从金堂旁迁至现在的场所。