慈眼院金堂位于多宝塔旁，被指定为国家指定重要文化财产，又被称为昆沙门堂和药师堂。金堂脊高3.8m，为寄栋本瓦茸的四面三间结构，带有一间向拜。根据建筑样式推测为镰仓时代（1185～1333年）的建筑。本尊为药师如来像，右方供奉有弘法大师，左方供奉有释迦如来像。堂内供奉有长约30cm、宽约1cm的杉木片串成的柿经（木片经）。