在延庆3年（1310年）前后绘制的庄园图纸“日根庄日根野村·井原村荒野开发图纸”中所记载的冈本（现南中冈本），船冈山位于该地的船冈神社内，是一座海拔25.5米的小丘。现位于陆地上的船冈山，据说自古就与海岸线相邻，是日根神社的御旅所（神灵休息的场所）。

据记述式内社日根神社由来的文书记载，神功皇后出征灭异邦之时，新罗国皇太子同时也是“日根明神”（日根宫）的化身正觉太子帮助过神功皇后的军队。据说当皇太子与神功皇后一同乘船抵达冈本浦时，一时雷电交加，大雨倾盆。于是他们在此埋葬了所乘的船只来平定。这就是“船冈山”，次年4月2日神功皇后来此参拜，因此从那时起，每年的4月2日都会举行大祭。大祭期间，人们会将神轿抬到船冈山，进行舞乐、赛马。

如上所述，日根神社与船冈山有着深厚的渊源，直到今天，每年的5月4日和5日还会举办枕祭，直到战后不久都一直举行前往船冈山的渡御（游行）活动。