日根神社分社比卖神社正殿被推定为《日根野村荒野开发绘图》中的沟口大明神。原本位于樫井川旁东上地区的沟口，最初与日根神社正殿对面而建，被称为“下御前”。据文政12年（1829年）的《和泉国五社第五日根大明神神社图》（慈眼院收藏）显示，其是后来被迁到了日根神社参道入口附近的现位置。

日根神社分社比卖神社正殿创建年代不明，但有传说称是由神功皇后所建。《三代实录》第4卷有“贞观元年（859年）五月七日壬戌 和泉国比卖神 列于官社 同八月十三日丙申授无位比卖神从五位上”的记述，《延喜式神名帐》第4卷也有日根郡十座式内社的记述。

神殿为一间社春日造，桧皮葺（铺柏树皮），庇柱倒角大，繋梁为水平的日式结构。只有向拜虹梁两端的狮子鼻为江户时代（1603～1868年）后补，组件多体现桃山时代（1573～1603年）的样式。昭和57年（1982年）进行了拆卸修理，恢复了迷人的缤纷色彩。