덴무 천황의 칙원사로 673년에 세워진 것으로 전해지며, 그 후에도 인접해 있는 히네 신사(오이세키 다이묘진)의 신궁사로 수많은 당우가 늘어선 훌륭한 가람을 뽐내고 있었으나, 1585년에 도요토미 히데요시의 기슈 공격 때 전쟁의 화마로 소실되었다가 도요토미 히데요리에 의해 재건되었습니다. 그러나 처음부터 있던 건축물이 그대로 남아있는 것은 겨우 다보탑, 금당 정도뿐입니다. 처음 지어졌을 때는 이제키야마간조주지주후쿠인이라고 칭했으며 오이세키 사원이라고도 불렸습니다.

‘히네노무라 황야 개발 그림’의 중앙에 그려진 무헨코인 절은 히네노쇼의 장원 정청으로 구조 마사모토가 처음으로 들어간 사원이지만 지겐인 절(전 오이세키 신사 중사원)을 그 후신으로 하고 있다는 설도 있습니다.

지금의 호는 에도 시대(1603~1868년)에 교토 닌나지 절의 주지스님으로부터 구조 마사모토의 원호인 ‘지겐인’이라는 명칭을 하사받고 진언종 오무로 파 닌나지의 말사가 되었습니다.

다보탑은 1271년에 건립된 이즈미사노시에서 유일한 국보 건축물입니다. 이시야마데라 절(시가현), 고야산 곤고산마이인 사원(와카야마현)과 함께 일본의 삼대 다보탑 중 하나로 손꼽히고 있습니다. 높이 10.5m, 하중은 한 변이 2.7m고, 이수선으로 지붕을 받치고, 노키시린으로 꾸며져 있습니다. 또한 상중은 12개의 원통을 둘러서 사수선으로 하앙과 노키시린을 2단으로 꾸리고 노송나무 껍질로 만든 지붕을 한 층 더 두르고 있습니다. 내진의 수미단 위에 대일여래 좌상(오사카부 지정 유형 문화재)와 협시로 지국천, 다문천을 안치하고 있습니다. 메이지 시대(1868~1912년)에 수리할 때 금당 옆에서 현재의 장소로 이전하였습니다.