天武天皇の勅願寺ちょくがんじとして天武2（673）年に開創されたと伝わり、その後も隣接する日根神社ひねじんじゃ（大井関大明神おおいせきだいみょうじん）の神宮寺じんぐうじとして数多くの堂宇どううが立ち並ぶ見事な伽藍がらんを誇っていましたが、天正てんしょう13（1585）年に豊臣秀吉とよとみひでよしの紀州攻めの兵火により焼失し、豊臣秀頼とよとみひでよりによって再建されましたが、当初からの建造物はわずかに多宝塔、金堂が残るだけとなっています。創建時は井関山願成就寺寿福院いぜきやまがんじょうじゅじじゅふくいんと称し、大井関御坊とも呼ばれました。

「日根野村荒野開発絵図ひねのむらこうやかいはつえず」の中央に描かれる無辺光院むへんこういんは、日根荘の荘園政所しょうえんまんどころとして九条政基が最初に入った寺院ですが、慈眼院（もと大井関神社中之坊なかのぼう）をその後身とする説もあります。

今の号は江戸時代に京都仁和寺門跡にんなじもんぜきより九条政基の院号である「慈眼院」の名を授けられ、真言宗御室派おむろは仁和寺の末寺となりました。

多宝塔は文永ぶんえい8（1271）年に建立された泉佐野市唯一の国宝建築物です。石山寺いしやまでら（滋賀県）、高野山金剛三昧院こんごうさんまいいん（和歌山県）とともに日本の多宝塔三名塔に数えられています。高さ10.5ｍ、下重は一辺が2.7ｍの方形で、二手先にてさきで屋根を支え、軒支輪のきしりんを飾っています。また、上重じょうじゅうは12本の円柱をまわし、四手先よんてさきで尾垂木おたるきと軒支輪を二段構えにして檜皮葺ひわだぶきの屋根をより一層ひきしめています。内陣ないじんの須弥壇しゅみだんの上に大日如来坐像だいにちにょらいざぞう（府指定有形文化財）と脇侍わきじの持国天じこくてん、多聞天たもんてんを安置しています。明治修理の際に金堂隣から現在の場所に移転しています。