據說創建於天武2（673）年，是天武天皇的敕願寺，此後成為相鄰日根神社（大井關大明神）的神宮寺，這裡曾經廟堂眾多，伽藍恢弘，但天正13（1585）年由於豐臣秀吉攻打紀州而被戰火燒毀，豐臣秀賴此後予以興建，但最初的建築只留下了多寶塔和金堂。創建時被稱為井關山願成就寺壽福院，又被稱為大井關御坊。

「日根野村荒野開發繪圖」中間所描繪的無邊光寺，是九條政基最早入住的日根莊莊園管理處寺院，也有說法稱慈眼院（原本的大井關神社中之坊）是其後身。

現在名號「慈眼院」，是江戶時代（1603～1868年）京都仁和寺住持賜給九條政基的院號，為真言宗御室派仁和寺的分寺。

多寶塔建於文永8（1271）年，是泉佐野市唯一的國寶建築。與石山寺（滋賀縣）、高野山金剛三昧院（和歌山縣）並稱日本多寶塔三名塔。高10.5m，下層為邊長2.7m的正方形，透過二手先（建材）撐起屋頂，裝飾著軒支輪。另外上層圍有12根圓柱，透過四手先（建材）撐起尾垂木和軒支輪的雙層結構，使檜皮葺（鋪柏樹皮）屋頂更為結實。內陣須彌壇上供奉著大日如來坐像（大阪府指定有形文化財）和脇侍持國天、多聞天。明治整修時從金堂旁遷至現在的場所。