推定為「日根野村荒野開發繪圖」中的溝口大明神。原本位於樫井川旁東上地區的溝口，最初建於日根神社正殿對面，被稱為「下御前」。根據文政12（1829）年的「和泉國五社第五日根大明神神社圖」（慈眼院收藏），可以發現是後來被遷到現在這個日根神社參道入口附近位置的。

創建年代不明，但有傳說稱是由神功皇后所創。『三代實錄』第4卷有「貞觀元（859）年五月七日壬戌 和泉國比賣神 列於官社 同八月十三日丙申授無位比賣神從五位上」的記述，『延喜式神名帳』第4卷也有日根郡十座式內社的記述。

神殿為一間社春日造檜皮葺（鋪柏樹皮），庇柱面積寬，繋梁為水平式的日式結構。只有向拜虹梁兩端的獅子鼻為江戶時代（1603～1868年）後修補的，組件多為桃山時代（1573～1603年）的樣式。昭和57（1982）年進行了解體正修，恢復了過分鮮豔的色彩。