創建年代不明，但根據神社傳是由第9代開化天皇掌管天下的時期請願建成。正應2年（1289年）的「和泉國神名帳」中將其記錄為「有通神社」，兩幅莊園繪圖中將其描繪為「穴通社」。『枕草子』中也有關於此神社名稱來源的記載，據說是源自「有位中將違背帝王命令，將年邁的父母藏於京城居住，並按照年邁父母的教導，使用螞蟻成功穿線，因此獲得與年邁父母同住的許可，這位中將也就被供奉為神」的這一傳說。另外還有此一說，就是從其沿著熊野街道的位置來看，關聯熊野信仰的「蟻之熊野參拜」是其名稱來源。
（註解：「蟻之熊野參拜」是指到熊野參拜的人絡繹不絕，如同螞蟻一般。）

根據『紀貫之集』的記載，紀貫之從紀伊國歸來，途中貫之的馬因病倒下。路人勸他向「蟻通之神」祈禱，於是貫之便做了一首詩進行奉納：「雲重暗蒼穹，疑間有星漢」，結果馬的病就好了。根據這一故事，室町時代世阿彌創作了謠曲（日本古典歌舞劇「能」的劇本）——『蟻通』。由於這一淵源，現在神社境內依然在表演著能劇。
（註解：貫之所作之詩的日文中「有星」與「蟻通」為同音字，故此處為雙關，意思是就像無法想像黑暗的天空中有星星那樣，蟻通神也不會做這樣的事情。）

蟻通神社正殿為一間社角椽春日造結構，正面有唐破風。境內的舞臺推測是萬治3年（1669年），由岸和田藩主岡部氏在改修之際建造，是這一地區不多見的建築樣式。當初神社是沿著熊野街道而立，由於戰爭時期需要修建明野陸軍飛行學校佐野飛行場，因而搬遷至現址。